Permenkes ini juga mengatur penerapan karantina di pintu masuk negara, seperti pelabuhan dan bandara. Pasal 16 menguraikan sanksi bagi orang, suspek, maupun kontak erat yang menolak menjalani karantina. Warga negara Indonesia dikenakan sanksi berupa denda administratif, sementara warga negara asing dapat diberikan rekomendasi penolakan masuk ke wilayah Indonesia.
Selain itu, Pasal 65 hingga 70 mengatur pengelolaan agen biologi atau bahan yang mengandung penyebab penyakit. Pengangkutan, penyimpanan, hingga pemusnahan bahan berbahaya tersebut wajib dilakukan sesuai standar yang ditetapkan Menteri Kesehatan atau ketentuan perundang-undangan yang berlaku.
Untuk memperkuat kapasitas penanganan di wilayah terdampak, Permenkes ini juga mengatur pendayagunaan tenaga cadangan kesehatan. Ketentuan tersebut tertuang dalam Pasal 129 hingga 134, yang mencakup jenis sumber daya manusia, pembinaan, penjaminan, serta pemberian penghargaan bagi tenaga kesehatan cadangan.
Dari sisi pendanaan, Pasal 158 menyebutkan bahwa pembiayaan penanggulangan KLB, wabah, dan krisis kesehatan dapat bersumber dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN), Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD), serta sumber sah lainnya sesuai peraturan perundang-undangan.
